امنیت غذایی در ایران با چالش‌های چندوجهی و پیچیده‌ای مانند بحران کمی و کیفی منابع آب، تغییرات اقلیمی، افزایش تقاضا برای محصولات کشاورزی، هزینه بالای تولید، حاشیه سود کم و ... مواجه می‌باشد. برای عبور از این بحران‌ها و دستیابی به تولید پایدار، نوآوری در کشاورزی می‌تواند راه‌حل‌هایی را ارائه دهد؛ هرچندکه تحقق این امر با موانعی همچون برداشت محدود از مفهوم نوآوری، مدل‌های ناکارآمد توسعه نوآوری، ساختارهای اجرایی و نهادی متمرکز، محدودیت‌های فن‌آوری‌های پیشرفته، تقابل ارزش‌های کشاورزی سنتی و نوآورانه و نقش تصدی‌گرایانه دولت رو‌به‌رو است.
غلبه بر این موانع، نیازمند آن است که نوآوری در کشاورزی به‌صورت یک فرآیند سیستمی، مشارکتی و چند‌بعدی در نظر گرفته شود که علاوه بر ابعاد تکنولوژیک، به مؤلفه‌های حکمرانی، مدیریتی، اجتماعی، اقتصادی و زیست‌محیطی نیز توجه کند. سیاست‌ها باید بر مدل‌های بومی‌سازی‌شده و هم‌افزای کشاورزی سنتی و نوآورانه تمرکز کنند تا با حفظ شیوه‌های پایدار بومی، ابزارهای نوآورانه به‌طور تدریجی وارد چرخه تولید شوند. هم‌چنین، فرآیندهای تصمیم‌گیری باید به‌صورت مشارکتی و با حضور فعال تمامی ذی‌نفعان و ذی‌مدخلان (از جمله اندیشه‌ورزان، مدیران، کارشناسان و کشاورزان) طراحی و پیاده‌سازی شوند. نقش دولت تغییر یافته و به‌عنوان تسهیل‌گر و ناظر عمل کند و با ایجاد زیرساخت‌های حمایتی و تقویت رقابت‌پذیری در بخش کشاورزی مسیر نوآوری را هموار سازد. در کنار این موارد، تسهیل دسترسی به فن‌آوری‌های نوین و ارتقای سواد تکنولوژیک در سطوح مختلف برای افزایش پذیرش نوآوری‌ها ضروری است. چنین رویکردی می‌تواند به‌طور هم‌زمان امنیت غذایی و پایداری کشاورزی در ایران را تضمین کند.